经过多年跟生物学、医学科研人员的合作，与翔帮助众多研究单位完成了数据分析，并跟其中多个实验室共同发表了SCI文章。
1. 对食管癌抑癌基因ECRG2的性质及功能预测 通过生物信息学技术对候选抑癌基因ECRG2进行一系列DNA及蛋白质序列分析及功能预测。预测ECRG2和相关基因MT2A的凋亡诱导功能并得到实验室验证。
简评：生物信息学开路，湿实验跟进验证是节约实验室成本及缩短研究周期的常规思维，对基因性质及功能预测也是最常用的生物信息学手段，涉及到很多数据库和分析算法，要做好做准确并不是件容易事。
项目标签：基因的功能性质预测
Yongping Cui, Jianbo Wang, Xinyu Zhang, Ronggang Lang, Meixia Bi, Liping Guo, Shih-Hsin Lu. ECRG2, a novel candidate of tumor suppressor gene in the esophageal carcinoma, interacts directly with metallothionein 2A and links to apoptosis. Biochemical and Biophysical Research Communication, 302(2003), 904-915.
PubMed ID: 12646258, SCI 影响因子（IF）: 3
2. 抑制性消减杂交文库分析 实验室产生6个肺癌相关抑制性消减杂交文库，包含2000多条EST序列。通过设计基于Linux的高通量分析系统，结合各种数据库及相关软件，对该文库进行综合分析，包括基因聚类分析，表达谱分析，SNP或者点突变分析等。
简评：对EST或者cDNA文库的分析是体现生物信息学特点的一个基本的需求。实际上就是运用高通量手段实现高效能、高精确度的分析。难点和要点在于结合文库消减杂交的特点进行分析，得到更全面，更精确、细致的结果。
项目标签：转录组，EST文库
Sun W, Zhang K, Zhang X, Lei W, Xiao T, Ma J, Guo S, Shao S, Zhang H, Liu Y, Yuan J, Hu Z, Ma Y, Feng X, Hu S, Zhou J, Cheng S, Gao Y. Identification of differentially expressed genes in human lung squamous cell carcinoma using suppression subtractive hybridization. Cancer Lett. 2004 Aug 20;212(1):83-93.
PubMed ID: 15246564, SCI 影响因子（IF）:3.049
3. STR多态性分析 STR即短重复序列，又名微卫星。作为第二代遗传标记，STR技术广泛使用于法医学，亲子鉴定，进化分析等领域。在本案例中用来分析STR多态与食管癌发生发展的关系。
简评：微卫星多态性分析中，常用的STR位点来自于现成的STS标签，对于没有STS标签的基因，需要通过基因组序列分析选择微卫星位点，并设计合适的引物。
项目标签：基因组，遗传多态分析
Chun-mei Yue, Mei-xia Bi, Wen Tan, Da-jun Deng, Xin-yu Zhang, Li-ping Guo, Dong-xin Lin and Shih-HsinLu. Short tandem repeat polymorphism in a novel esophageal cancer-related gene (ecrg2) implicates susceptibility to esophageal cancer in chinese population, Int. J. Cancer, 108(2004), 232-236
PubMed ID: 14639608, SCI 影响因子（IF）:4.7